Дело ЦДУМ наряду с так называемым "Ленинградским делом" является одним из самых загадочных эпизодов эпохи "Большого террора". Тогда по обвинению в том, что по заданию японской разведки, агентами которой якобы являлись работники Центрального духовного управления мусульман и персонально муфтий Риазэтдин Фахретдин и его сыновья, в СССР была создана конрреволюционная "шпионско-диверсионная" организация с целью свержения Советской власти, были репрессированы работники этой централизованной мусульманской организации, их знакомые и родственники.
Основаниями для обвинения стали показания арестованных по этому делу работников аппарата ЦДУМ и их друзей и знакомых о контактах с эмигрантскими кругами, в частности с известным муллой Габдулхаем Курбангалиевым муфтия Ризаетдина Фахретдина и бывшего главного редактора закрытого властями журнала "Дин ва Магишат" Галямутдина Ханисламова. "Связным" с японской разведкой якобы выступал бывший торговец Мулланур Усманов, который действительно до 1925 года находился в эмиграции и проживал в китайском городе Харбине.
Умерший незадолго до этого муфтий Фахретдин действительно поддерживал связь с эмигрантскими кругами, в том числе и с татарскими общественными деятелями, осевшими на территории Китая, но делал это с ведома и по поручению органов ОГПУ, которым было важно знать, о чем думает и какие планы имеет татарская антисоветская эмиграция.
Муфтий Фахретдин плотно работал с ОГПУ еще с 20-х годов, когда у части советского руководства, прежде всего у Льва Троцкого имелись планы с помощью Коминтерна поднять мусульман на борьбу с Великобританией. Как писал по этому поводу глава Восточного отдела Коминтерна С. Брике-Бестужев: "...Халифат,... находящийся под косвенным влиянием Коминтерна, в современной обстановке является силой выдающегося революционного значения, имея ввиду объединение отсталых мусульманских масс против Антанты».
В 1926 году по прямому заданию Восточного отдела ОГПУ Ризаетдин Фахретдин и несколько представителей мусульманского духовенства из различных регионов СССР приняли участие в Мекканском съезде, на котором его делегаты оказали поддержку эмиру ибн Сауду, с которым советское руководство связывало планы по активизации действий подрывного характера против Великобритании на Ближнем Востоке. В этом была немалая заслуга Фахретдина и других членов советско делегации, который курировал заместитель начальника Восточного отдела ГПУ Николай Волленберг. Непосредственным начальником Волленберга был небезызвестный Генрих Ягода, который в марте 1937 года был обвинен в организации "троцкистско-фашистского заговора в НКВД СССР".
Незадолго до этого были вынесены приговоры фигурантам "дела ЦДУМ", которое в развитии было разделено на несколько эпизодов с участием "уфимской", "московской" "горьковской" и "куйбышесвской" групп. Многие из них были расстреляны, остальные получили длительные тюремные сроки, а после их окончания были вновь арестованы и осуждены.
С "делом ЦДУМ" были связаны и судебные процессы в Южном Казахстане и Узбекистане, где фигурантов обвиняли в связях с представителями этой религиозной организации. В 1940-41 годах в Средней Азии прогремел политический процесс, который условно назвали "Цепь Корана" и фигуранты которого также были якобы связаны с работниками ЦДУМ, а через них – с японской и турецкой разведками. Впоследствии все осужденные по этому делу были конечно же реабилитированы. Было признано, что они "оклеветали себя в результате применения к ним незаконных методов ведения следствия", что подтверждается смертью в тюрьме нескольких фигурантов "дела ЦДУМ", в том числе и сына муфтия Фахретдина, которого не успели даже осудить.
При этом остается вопрос, что же было истинной причиной репрессий, обрушившихся на представителей официального мусульманского духовенства, демонстрировавшего лояльность новой власти и готового сотрудничать с ней?
Скорее всего причина репрессий кроется в том, что те представители советского государства, с которыми сотрудничал муфтий Фахретдин и его приближенные, принадлежали к так называемому "троцкистско-зиновьевскому блоку", с которым беспощадную борьбу вел сталинский режим. Не секрет, что за власть в СССР боролись различные группировки внутри партии большевиков. Естественно, что скованные официальной идеологией и провозглашая строительство социализма, они не могли открыто признать, что идет банальная борьба за власть и полномочия. Поэтому в ход пошли обвинения политического характера с навешиванием ярлыков и обвинениями к принадлежности к различным “разведкам” и "антипартийным группам". Беда Фахретдина была даже не в том, что он поставил не на тех, а в том, что те люди, с которыми он сотрудничал по линии государства, проиграли борьбу за власть и были репрессированы. Соответственно по цепочке расправились и с теми, кто с ними сотрудничал. Во всяком случае обвинение в "троцкизме" было одним из самых распространенных в годы "Большого террора", а чтобы эти обвинения выглядели более солидно, то существенным "довеском" к ним были и обвинения в сотрудничестве с японской, английской, и позднее, германской разведками. Таковы были те суровые времена, получившее в истории название “Большого террора”.
Не зря во всех делах, связанных с "делом ЦДУМ", фигурировал "всемирный съезд мусульман". Так советские чекисты назвали Исламский конгресс в Мекке, в котором активное участие принимал муфтий Фахретдин, ибо, по официальной версии, именно там его участники были завербованы империалистическими разведками и получили задание организовать восстания мусульман в СССР. Учитывая то, что на этот конгресс советские мусульмане поехали по заданию НКВД с совершенно определенной миссией, становится понятно, что в в данном случае имела место "ревизия" работы органов за то время когда там окопались "враги народа" из числа "троцкистов-бухаринцев".
С другой стороны, ряд исследователей-исламоведов связывают "дело ЦДУМ", "Цепь Корана" и прочие смежные с ними политические дела против исламского духовенства с инициативой Духовного управления, руководимого муфтием Фахретдином, по выстраиванию единой управленческой вертикали официальных религиозных организаций мусульман в СССР под "крышей" все того же ЦДУМ и объединения их в единую структуру. По их мнению режим был против этого и выступал за размежевание среди мусульманских организаций. Соответственно расправа с функционерами ЦДУМ и их союзниками в других мусульманских организациях была направлена на прекращение всякой активности мусульманского духовенства в этом вопросе.
Так или иначе существенная часть документов по этому делу до сих пор остается засекреченной (на это в частности указывает Ю. Н. Гусева в своей работе "Мрачное эхо "дела ЦДУМ": "Цепь Корана" и репрессии против мусульманской элиты в СССР (1940 год)". И это роднит его с так называемым "Ленинградским делом", в рамках которого руководители партийной организации Ленинграда были обвинены в попытке создания "антипартийной группы", опиравшейся на идеи русского национализма. Исследователи указывают на борьбу за власть в окружении Сталина как на одну из причин "Ленинградского дела", а также на недоступность ряда документов по нему, с которых до сих пор не снят гриф секретности.
Все мотивы "дела ЦДУМ" не понятны до сих пор, и то, что часть документов по нему не предана гласности, не позволяет сделать окончательные выводы о том, что же стало его истинной причиной репрессий в отношении духовного центра мусульман России.